Vaccins contre la Covid-19 : Quid de la composition antigénique?

Déclaration sur la composition antigénique des vaccins contre la COVID-19

Le SARS-CoV-2 continue de circuler et ne cesse d’évoluer, présentant d’importantes modifications génétiques et antigéniques au niveau de la protéine Spike.

• La mise à jour de la composition antigénique des vaccins anti-COVID-19 a pour objectif d’améliorer les réponses immunitaires obtenues contre les variants du SARS-CoV-2 en circulation.
• Comme on s’attend à ce que le virus continue d’évoluer à partir du variant JN.1, le TAG-CO-VAC recommande d’utiliser des formulations monovalentes contenant un antigène de la lignée JN.1 pour les futurs vaccins contre la COVID-19.
• Conformément à la politique du Groupe stratégique consultatif d’experts sur la vaccination (SAGE) de l’OMS, il convient de continuer à utiliser tous les vaccins anti-COVID-19 préqualifiés ou autorisés au titre du protocole d’utilisation d’urgence de l’OMS dans les programmes de vaccination. Il n’est pas recommandé de retarder la vaccination dans l’attente que des vaccins de composition actualisée deviennent disponibles.

Le Groupe consultatif technique de l’OMS sur la composition des vaccins contre la COVID-19 (TAG-CO-VAC) (en anglais) se réunit régulièrement pour évaluer l’impact de l’évolution du SARS-CoV-2 sur les performances des vaccins anti-COVID-19 approuvés. Une réunion en personne se tient notamment tous les six mois afin d’étudier les conséquences potentielles de l’évolution du SARS-CoV-2 sur la composition antigénique des vaccins anti-COVID-19 et de conseiller l’OMS sur la nécessité ou non de modifier la composition des futurs vaccins. Cet examen semestriel des données probantes par le TAG-CO-VAC permet d’assurer un suivi continu de l’évolution du SARS-CoV-2, de la cinétique de l’immunité induite par la vaccination et de la protection associée.

En mai 2023, le TAG-CO-VAC a recommandé l’utilisation d’un vaccin monovalent contenant un antigène d’une lignée descendante de XBB.1, comme XBB.1.5 (en anglais). En décembre 2023, il a conseillé de maintenir cette composition antigénique. Plusieurs fabricants (dont les vaccins sont préparés à base d’ARNm, de protéines ou de vecteur viral) ont mis au point des vaccins monovalents XBB.1.5 qui ont été approuvés par les autorités de réglementation et ont été introduits dans les programmes de vaccination contre la COVID-19 dans certains pays. Les déclarations précédentes du TAG-CO-VAC peuvent être consultées sur le site Web de l’OMS (en anglais).

Le TAG-CO-VAC s’est de nouveau réuni les 15 et 16 avril 2024 afin d’examiner l’évolution génétique et antigénique du SARS-CoV-2, les réponses immunitaires induites par l’infection à SARS-CoV-2 et/ou par la vaccination anti-COVID-19, l’efficacité des vaccins actuellement approuvés contre les variants du SARS-CoV-2 en circulation et l’incidence de ces facteurs sur la composition antigénique des vaccins contre la COVID-19.

Données examinées

Le TAG-CO-VAC a examiné des données publiées et non publiées portant sur : 1) l’évolution génétique du SARS-CoV-2, en collaboration avec le Groupe consultatif technique sur l’évolution du virus SARS-CoV-2 (TAG-VE) (en anglais) ;

2) la caractérisation antigénique des variants précédents et des variants émergents du SARS-CoV-2 par des tests de neutralisation du virus à l’aide d’antisérums d’animaux ou de sérums humains, ainsi qu’une analyse plus détaillée des relations antigéniques au moyen d’une cartographie antigénique ;

3) les données d’immunogénicité indiquant l’ampleur des réponses en anticorps neutralisants induites par les antigènes vaccinaux actuellement approuvés contre les variants circulants du SARS-CoV-2 dans des sérums animaux et humains, y compris des données de modélisation ;

 4) les estimations de l’efficacité des vaccins actuellement approuvés pendant les périodes de circulation des lignées XBB.1 et JN.1 ;

5) les données préliminaires d’immunogénicité indiquant les réponses immunitaires obtenues après l’infection par les variants du SARS-CoV-2 en circulation ; et

6) les données d’immunogénicité préliminaires, précliniques et cliniques, sur la performance des vaccins candidats de composition antigénique actualisée, communiquées à titre confidentiel par les fabricants au TAG-CO-VAC. De plus amples détails sur les données publiques examinées par le TAG-CO-VAC figurent dans l’annexe ci-jointe. Les données non publiées et/ou confidentielles examinées par le TAG-CO-VAC ne sont pas présentées.

Synthèse des données probantes

• Le SARS-CoV-2 continue de circuler et ne cesse d’évoluer, présentant des mutations génétiques dans des régions importantes codant pour la protéine Spike.
• En avril 2024, la quasi-totalité (>94 %) des séquences génétiques du SARS-CoV-2 répertoriées dans les bases de données publiquement disponibles étaient dérivées de JN.1. Ces variants dérivés de JN.1 continuent de remplacer les variants existants de la lignée XBB (p. ex. EG.5), ce qui témoigne de leur avantage adaptatif par rapport aux autres variants du SARS-CoV-2 en circulation dans la population humaine.
• Plusieurs de ces variants dérivés de JN.1 (p. ex. JN.13.1, JN.1.11.1, KP.2) ont subi de manière indépendante une évolution entraînant des changements de la protéine Spike au niveau d’épitopes mettant en jeu les résidus d’acides aminés 346 et/ou 456. Des substitutions au niveau de ces résidus ont été observées chez des variants précédents du SARS-CoV-2 (p. ex. R346T pour BQ.1 et XBB ; F456L pour EG.5 et HK.3) et concernent des épitopes dont on sait qu’ils sont ciblés par les anticorps neutralisants.
• Compte tenu du remplacement des variants de la lignée XBB par des variants dérivés de JN.1, il est probable qu’à court terme, les variants du SARS-CoV-2 en circulation seront dérivés de JN.1.
• Dans les sérums provenant d’animaux et d’êtres humains immunologiquement naïfs, il a été observé que les variants XBB.1.5 et JN.1 du SARS-CoV-2 sont distincts sur le plan antigénique. Chez les animaux et les humains non naïfs, les sérums obtenus après vaccination par un vaccin monovalent XBB.1.5, en présence ou non d’une infection antérieure récente, neutralisent le XBB.1.5 et ses dérivés tels que EG.5, HK.3, HV.1, ainsi que BA.2.86 et JN.1. Cependant, dans les études publiées et non publiées, les titres de neutralisation contre le variant JN.1 étaient généralement inférieurs (d’un facteur 2 à 5) aux titres obtenus contre l’antigène immunisant XBB.1.5 homologue. Une neutralisation croisée encore plus faible est observée pour les variants JN.1 porteurs de substitutions F456L et/ou R346T.
• Une analyse secondaire des données d’immunogénicité publiées montre que lors de l’administration d’une dose supplémentaire, l’utilisation d’un vaccin de composition antigénique actualisée augmente en moyenne de 40 % le titre d’anticorps neutralisants dirigés contre ce variant par rapport aux vaccins de composition antigénique antérieure. Selon les prévisions obtenues par modélisation statistique, une dose de vaccin de composition antigénique actualisée pourrait avoir une efficacité supplémentaire d’environ 23-33 % contre les formes graves de la maladie et de 11-25 % contre les infections symptomatiques par rapport à un vaccin de composition antigénique antérieure.
• Dans les populations présentant une immunité élevée, résultant à la fois de l’infection et de la vaccination, les estimations de l’efficacité vaccinale sont essentiellement relatives et non absolues, c’est-à-dire que plutôt que de comparer les personnes vaccinées aux personnes non vaccinées, elles illustrent la protection supplémentaire conférée par la vaccination récente au-delà de l’immunité préexistante dérivée de l’infection et de la vaccination :

o          La vaccination par les vaccins à ARNm bivalents (virus index et BA.1 ou BA.4/5) et par un vaccin à base de protéines du variant Bêta continue d’offrir une protection contre les formes graves de la maladie pendant les périodes de circulation des lignées descendantes de XBB. La protection conférée contre l’infection et contre les formes symptomatiques de la maladie est plus faible et décline plus rapidement, sur une période de plusieurs mois.

o          Les vaccins monovalents XBB.1.5 ont été introduits dans certains programmes de vaccination au cours du dernier trimestre de 2023. Pendant les périodes de circulation des lignées descendantes de XBB, la protection qu’ils confèrent contre les formes graves de la maladie est élevée au cours des trois premiers mois qui suivent la vaccination, mais la protection contre l’infection symptomatique est plus faible.

o          Il existe moins d’études estimant l’efficacité relative des vaccins monovalents XBB.1.5 pendant les périodes de circulation des lignée descendantes de JN.1. Les études initiales font état d’une protection supplémentaire conférée au cours des trois premiers mois suivant la vaccination, mais semblent indiquer une légère baisse de l’efficacité vaccinale contre le variant JN.1, par rapport aux variants de la lignée XBB.1, pour ce qui est des formes graves et symptomatiques de la maladie. Ces observations concordent avec les résultats d’études d’immunogénicité précliniques et cliniques montrant une réduction des titres d’anticorps neutralisants contre les variants dérivés de JN.1 dans les sérums de personnes vaccinées par le vaccin monovalent XBB.1.5.

• Les données précliniques communiquées à titre confidentiel par les fabricants au TAG-CO-VAC indiquent que l’administration de vaccins candidats monovalents contenant le variant JN.1 à des souris naïves, ainsi qu’à des souris précédemment immunisées par des variants du SARS-CoV-2, suscite des réponses en anticorps neutralisants plus élevées contre le variant JN.1 et ses descendants émergents, par rapport aux réponses induites par les vaccins actuellement approuvés. Selon la seule étude d’immunogénicité menée chez l’être humain d’un vaccin candidat monovalent contenant le JN.1, un antigène vaccinal JN.1 est susceptible de produire des titres d’anticorps neutralisants plus élevés contre les variants de JN.1 en cocirculation (p. ex., KP.2) qu’un antigène vaccinal XBB.1.5 ou apparenté.

Le TAG-CO-VAC reconnaît que les données disponibles sont limitées par plusieurs facteurs :

• La surveillance génétique/génomique du SARS-CoV-2 présente des lacunes persistantes et croissantes à l’échelle mondiale, liées notamment au faible nombre d’échantillons séquencés et au manque de diversité géographique. Le TAG-CO-VAC est résolument favorable à la création du Réseau mondial OMS de laboratoires pour les coronavirus (CoViNet) afin de combler ces lacunes.
• La trajectoire évolutive du SARS-CoV-2 montre que les variants susceptibles d’émerger dans un avenir proche seront probablement dérivés de JN.1. Cependant, on ne sait pas encore quelle sera la chronologie, les mutations spécifiques, les caractéristiques antigéniques et l’impact potentiel sur la santé publique des variants nouvellement apparus (p. ex. KP.2) et des variants futurs. Le TAG-CO-VAC appuie fermement les travaux en cours du TAG-VE.
• Bien qu’il ait été démontré que les titres d’anticorps neutralisants sont des corrélats importants de la protection contre l’infection à SARS-CoV-2 et des estimations de l’efficacité vaccinale, il existe de nombreuses composantes de la protection immunitaire induite par l’infection et/ou la vaccination. Les données sur les réponses immunitaires obtenues après l’infection par un variant d’une lignée descendante de XBB ou de JN.1 ou après l’administration d’un vaccin XBB.1.5 portent essentiellement sur les anticorps neutralisants et on ne dispose que de données limitées sur d’autres aspects de la réponse immunitaire, notamment l’immunité cellulaire.
• Les données d’immunogénicité contre les variants du SARS-CoV-2 actuellement en circulation ne sont pas disponibles pour tous les vaccins anti-COVID-19.
• Les estimations de l’efficacité relative des vaccins contre les variants du SARS-CoV-2 récemment en circulation, y compris ceux des lignées descendantes de XBB ou JN.1, sont limitées en termes du nombre d’études menées, de la diversité géographique, des plateformes vaccinales évaluées, des populations étudiées, de la durée du suivi et des comparaisons effectuées entre les vaccins monovalents XBB.1.5 et d’autres formulations administrées pendant la même période.

Recommandations relatives à la composition antigénique des vaccins contre la COVID-19

En avril 2024, presque tous les variants circulants du SARS-CoV-2 répertoriés dans les bases de données publiquement disponibles étaient des variants dérivés du JN.1. Comme on s’attend à ce que le virus continue d’évoluer à partir de JN.1, les futures formulations des vaccins contre la COVID-19 devraient être conçues de sorte à induire une réponse en anticorps neutralisants renforcée contre le variant JN.1 et ses lignées descendantes. L’une des solutions préconisées par le TAG-CO-VAC est d’utiliser un vaccin monovalent contenant un antigène de la lignée JN.1 (GenBank : OY817255.1, GISAID : EPI_ISL_18538117, Biohub OMS : 2024-WHO-LS-001).

L’utilisation de la formulation monovalente XBB.1.5 actuelle continuera de conférer une protection, comme en témoignent les réponses en anticorps neutralisants obtenues contre les premières lignées descendantes de JN.1 et les données issues des études préliminaires sur l’efficacité relative des vaccins contre le JN.1. Cependant, on s’attend à ce que la protection offerte par le vaccin XBB.1.5 contre l’infection symptomatique devienne moins robuste à mesure que le SARS-CoV-2 poursuit son évolution à partir du JN.1. D’autres formulations et/ou plateformes peuvent également être envisagées dans la mesure où elles permettent d’obtenir des réponses solides en anticorps neutralisants contre les variants actuellement en circulation, en particulier les lignées descendantes de JN.1.

Conformément à la politique du SAGE de l’OMS, il convient de continuer à utiliser tous les vaccins anti-COVID-19 préqualifiés ou autorisés au titre du protocole d’utilisation d’urgence de l’OMS dans les programmes de vaccination. Il n’est pas recommandé de retarder la vaccination dans l’attente que des vaccins de composition actualisée deviennent disponibles. L’OMS souligne l’importance que revêtent les questions d’équité et d’accès à tous les vaccins disponibles contre la COVID-19.

Autres considérations et données nécessaires

Étant donné que les recommandations ci-dessus reposent sur des données limitées et qu’on s’attend à ce que le virus continue d’évoluer, le TAG-CO-VAC encourage vivement la production de données sur les réponses immunitaires et les critères de jugement cliniques (c.-à-d. l’efficacité vaccinale) pour tous les vaccins anti-COVID-19 actuellement approuvés contre les variants émergents du SARS-CoV-2, ainsi que pour les vaccins candidats de composition antigénique actualisée.

Comme indiqué précédemment, le TAG-CO-VAC encourage la poursuite des travaux de mise au point de vaccins susceptibles de conférer une meilleure protection contre l’infection et de freiner la transmission du SARS-CoV-2.